Το νησί του Αγίου Ευστρατίου, αν και μικρό στην έκταση του, αποτέλεσε τη σκηνή για μία από τις πιο τραγικές σελίδες της πρόσφατης ελληνικής ιστορίας. Όπως και αρκετά άλλα νησιά του Αιγαίου, ο Άη-Στράτης ορίστηκε ως τόπος εξορίας για χιλιάδες ανθρώπους κατά τις ταραγμένες δεκαετίες του ελληνικού διχασμού. Για τον λόγο αυτό, ένα από τα λίγα Μουσεία που πραγματεύονται το θέμα της εξορίας στην Ελλάδα, στεγάζεται στο παλιό εκπαιδευτήριο του νησιού, λειτουργώντας ως χώρος μνήμης και διδαχής για τους επισκέπτες του.
Η έδρα του Μουσείου είναι το πάλαι ποτέ Δημοτικό σχολείο του Αγίου Ευστρατίου, που ιδρύθηκε στα τέλη του 19ου αιώνα, χάρη στην προσφορά της αδελφότητας «Άγιος Ευστράτιος» Αιγύπτου. Το σχολείο λειτούργησε έως το 1909, όταν ολοκληρώθηκε το νέο εκπαιδευτικό ίδρυμα του νησιού, η «Μαράσλειος – Λογοθέτειος» σχολή. Ο χώρος απέκτησε νέα χρησιμότητα όταν κατέφθασαν οι εξόριστοι στο νησί, καθώς επισκευάστηκε και λειτούργησε ως αναρρωτήριο μέχρι το 1962 (ή το 1968 και τον μεγάλο σεισμό που έπληξε τον Άγιο Ευστράτιο). Σε αυτά τα χρόνια της εξορίας, και συγκεκριμένα στα πρώτα χρόνια της Γερμανικής κατοχής, οι εξόριστοι που στεγάζονταν στο αναρρωτήριο απομονώθηκαν από την υπόλοιπη κοινότητα από την τοπική χωροφυλακή, χωρίς να τους παρέχονται τρόφιμα, μέχρι να εκφράσουν την μετάνοια τους και την αλλαγή των πεποιθήσεων τους. Λόγω της ασιτίας έχασαν τη ζωή τους περισσότεροι από 30 άνθρωποι. Παρ’ όλα αυτά, στον ίδιο χώρο θεωρείται ότι έλαβε χώρα και ένα πιο ευχάριστο γεγονός: μία επιτυχημένη καισαρική επέμβαση κατά τα χρόνια της εξορίας.
Τα χρόνια που μεσολάβησαν από τη δεκαετία του 1960 μέχρι το πολύ πιο πρόσφατο 2005, το κτίριο δεν έχαιρε κάποιας ιδιαίτερης αξιοποίησης. Το 2005 ξεκίνησε η διαδικασία της αναστήλωσης του χώρου, για να στεγαστεί το Μουσείο Δημοκρατίας και τα εκθέματα που συγκέντρωσε η Διεύθυνση Νεότερης Πολιτιστικής Κληρονομιάς του Υπουργείου Πολιτισμού.
Ο χώρος της έκθεσης είναι οργανωμένος με τέτοιο τρόπο, ώστε να εξιστορεί τόσο την ιστορία του κτιρίου, όσο και την εδραίωση του νησιού ως τόπου εξορίας χρονολογικά, από την εφαρμογή του Ιδιωνύμου μέχρι και την κατάργηση των στρατοπέδων εκτοπισμού πολιτικών κρατουμένων. Ανάμεσα στα εκθέματα του, βρίσκονται εργαλεία και εξαρτήματα της καθημερινής ζωής των εκτοπισμένων, αλλά και μουσικά όργανα και έργα τέχνης που μαρτυρούν την δραστήρια καλλιτεχνική φύση αρκετών από αυτούς. Παρότι το μέγεθος του Μουσείου δεν είναι ιδιαίτερα μεγάλο, τα περιγραφικά κείμενα που συνοδεύουν τα εκθέματα βοηθούν ώστε να δημιουργηθεί στο μυαλό του επισκέπτη μία αναλυτική εικόνα του παρελθόντος του τόπου.
