Το οθωμανικό διοικητήριο χτίστηκε το 1893 από τον μουτεσαρίφη (διοικητή) της Μυτιλήνης, Χιφζή πασά, και βρίσκεται στην περιοχή Κιόσκι πλησίον του κάστρου. Τα αρχιτεκτονικά του στοιχεία φέρουν ανατολίτικο λιτό νεοκλασικό χαρακτήρα. Αρχικά σε αυτήν την περιοχή, που αποτελούσε το διοικητικό κέντρο της Μυτιλήνης, υπήρχε παλαιότερο διοικητήριο, το Κονάκι, όπου και διέμενε ο Οθωμανός διοικητής. Αυτό αποτεφρώθηκε κατά την μεγάλη πυρκαγιά που ξέσπασε στη Μυτιλήνη το 1851.
Το διοικητήριο ήταν η έδρα της οθωμανικής διοικητικής διαίρεσης του Βιλαετιού του Αρχιπελάγους μέχρι το 1912. Ορόσημο της ιστορίας του διοικητηρίου αποτελεί η παράδοσή του από τον βαλή Εκρέμ Μπέη και τον μουτεσαφίρη Εράμ Μπέη στον πρώτο Έλληνα διοικητή της Λέσβου Κωνσταντίνο Μελά, αδελφό του Παύλου Μελά, στις 8 Νοεμβρίου 1912 όπου και υψώθηκε η ελληνική σημαία.
Το 1920 η χρήση του αλλάζει και παραχωρείται στο «εν Λέσβω Άσυλο Παιδός» (μετέπειτα «Κέντρο Παιδικής Μερίμνης Αρρένων Μυτιλήνης») για να χρησιμοποιηθεί ως ορφανοτροφείο προκειμένου να φιλοξενήσει ορφανά παιδιά «ασχέτως θρησκευτικής διακρίσεως». Εκεί βρήκαν στέγη πολλά ορφανά μετά τη μικρασιατική καταστροφή το 1922 και την άφιξη των προσφύγων στη Λέσβο. Για τις ανάγκες του ορφανοτροφείου σε κοιτώνες και εκπαιδευτικούς χώρους, προεκτάθηκε η πίσω πλευρά του κτηρίου, διαμορφώνοντας τη σημερινή αρχιτεκτονική δομή του με το αίθριο. Κατά τη διάρκεια της γερμανικής κατοχής χρησιμοποιήθηκε ως στρατώνας. Το 1987 παραχωρήθηκε στο τότε Υπουργείο Αιγαίου και πλέον στεγάζει τη Γενική Γραμματεία Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής.
