Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου ιδρύθηκε τον Μάρτιο του 1984, ταυτόχρονα με το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας και το Ιόνιο Πανεπιστήμιο. Σύμφωνα με το ιδρυτικό Προεδρικό Διάταγμα (ΦΕΚ 31Α/Π.Δ.83, 20/03/1984), Έδρα του Πανεπιστημίου Αιγαίου ορίστηκε η Μυτιλήνη και ιδρύθηκαν ταυτοχρόνως έξι Τμήματα: επιστημών φυσικού περιβάλλοντος, ιστορίας και κοινωνικής ανθρωπολογίας, μαθηματικών, παιδαγωγικό δημοτικής εκπαίδευσης και παιδαγωγικό νηπιαγωγών.
Δέκα ημέρες αργότερα διορίστηκε και η πρώτη Διοικούσα Επιτροπή, με Πρόεδρο τον Καθηγητή Κωνσταντίνο Σοφούλη (31/03/1984-04/08/1989). Κατόπιν έντονων ζυμώσεων και παρά τις δυσοίωνες προβλέψεις ότι το Πανεπιστήμιο δεν θα ήταν βιώσιμο αν δεν ήταν συγκεντρωμένο σε ένα νησί, τα Τμήματά του εγκαταστάθηκαν αρχικώς σε τέσσερα νησιά: Λέσβο, Χίο, Σάμο, Ρόδο. Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου ήταν το μοναδικό πολύ-νησιωτικό Πανεπιστήμιο της Ελλάδας, κι ένα από τα ελάχιστα διεθνώς.
Την πρώτη Πρυτανεία του εξέλεξε το Πανεπιστήμιο Αιγαίου το 1997. Πρώτος Πρύτανης ήταν ο Καθηγητής Θεμιστοκλής Λέκκας (08/05/1997-31/08/2000 και 01/09/2000-31/08/2003). Σε αυτήν την φάση το Πανεπιστήμιο γνώρισε ιδιαίτερη ανάπτυξη, συνεχίζοντας την παράδοσή του να θεραπεύει πρωτοπόρες γνωστικές περιοχές και αντικείμενα.
Οι Πρυτανείες που ακολούθησαν φρόντισαν και φροντίζουν και για την διεθνοποίηση του Πανεπιστημίου Αιγαίου, το οποίο σταθερά εμφανίζεται στις κατατάξεις με τα καλύτερα πανεπιστήμια του κόσμου. Καθώς συμπληρώνει 40 χρόνια θεσμικού βίου, διατηρεί 6 Σχολές με 18 Τμήματα σε 6 νησιά: στην Λέσβο, στην Χίο, στην Σάμο, στην Ρόδο, στην Λήμνο και στην Σύρο.
