Η Λήμνος κατά την περίοδο της Οθωμανικής αυτοκρατορίας δεν διέθετε σημαντική στρατιωτική άμυνα. Με την έναρξη των Βαλκανικών Πολέμων (1912-1913), η προτεραιότητα της κεντρικής Οθωμανικής διοίκησης και των στρατιωτικών, έγκειτο στη θωράκιση της πρωτεύουσας Κωνσταντινούπολης από (ενδεχόμενη) Βουλγαρική επίθεση και των μεγαλύτερων νήσων του Αιγαίου, όπως η Λέσβος και η Χίος. Διακρίνοντας αυτό το κενό καθώς και τη στρατηγική θέση του νησιού, ο Παύλος Κουντουριώτης έσπευσε να καταλάβει τη Λήμνο, μετά την κήρυξη του Α’ Βαλκανικού Πολέμου, τον Οκτώβριο του 1912.
Στις 5 Οκτωβρίου 1912, ο Ελληνικός στόλος του Αιγαίου κατευθύνθηκε προς τη Λήμνο. Κατά την πλεύση του, συνέλαβε σε μια βάρκα τον πρώτο αιχμάλωτο πολέμου, έναν Οθωμανό αστυνομικό του Αγίου Ευστρατίου. Όταν έφτασαν στον κόλπο του Μούδρου στις 8 Οκτωβρίου, άρχισε η απόβαση των στρατιωτών με επικεφαλής τον ταγματάρχη Ιουλιανό Κονταράτο, στη θέση Βουρλίδια κοντά στο Διαπόρι. χωρίς να συναντήσουν κάποια αντίσταση από τους αντιπάλους. Έχοντας δημιουργήσει ένα ασφαλές πέρασμα, ακολούθησε και ο δεύτερος λόχος υπό τον λοχαγό Παναγιώτη Γαρδίκα. Συγκινημένοι οι κάτοικοι των χωριών της Λήμνου έσπευσαν να υποδεχθούν τον Ελληνικό στρατό, κατά την πορεία τους προς τη Μύρινα. Στα Τσιμάνδρια υψώθηκε η πρώτη ελληνική σημαία στη γέφυρα του χωριού και έψαλαν με τιμές τον εθνικό ύμνο.
Μικρή αντίσταση συνάντησαν οι Έλληνες στρατιώτες στο χωριό Λέρα (Άγιος Δημήτριος σήμερα). Το ίδιο βράδυ η διλοχία εσπευσμένα συνέχισε την πορεία της φτάνοντας στην πρωτεύουσα Μύρινα, και υπό τη διοίκηση του Κουντουράτου κατέλαβε το Δικαστήριο (σημερινό Νοσοκομείο), αποκόπτοντας τις Οθωμανικές δυνάμεις και συλλαμβάνοντας τον μουτεσαρίφη και τους διοικητικούς υπαλλήλους. Ο δεύτερος λόχος του Ανδρέα Γιανναρούδη, συνέλαβε τον Οθωμανό φρούραρχο και οχύρωσε το Κάστρο με Έλληνες στρατιώτες.
Ο Π. Κουντουριώτης δημοσίευσε προκήρυξη της κατοχής της Λήμνου από τον Ελληνικό στρατό, σε όλα τα χωριά της νήσου, γνωστοποιώντας την αλλαγή διοίκησης. Τηλεγράφημα έστειλε και στην Αθήνα πληροφορώντας την κυβέρνηση, για την κατάσταση στο νησί και την Μύρινα. Ακολούθησε η συνέλευση της Κυριακής της 14ης Οκτωβρίου 1912, όπου 190 αντιπρόσωποι από όλα τα χωριά, υπέγραψαν την ένωση του νησιού με την Ελλάδα.
Μερικές δεκαετίες αργότερα, επί Γερμανικής κατοχής, στις 16/10/1944, ο Ιερός Λόχος επιδίωξε την απελευθέρωση της νήσου. Στη Μύρινα τα πράγματα εξελίχθηκαν ομαλά, αλλά στο Μούδρου οι Γερμανικές δυνάμεις αντιστέκονταν σθεναρά. Επιδίωξη των Γερμανών και απέλπιδα προσπάθεια τους, ήταν η ανατίναξη του λιμανιού του Μούδρου με τις εγκαταστάσεις του. Ο Γερμανός λοχαγός Σουλτς, επιβίβασε τους στρατιώτες του στα πλοία μέσα στον κόλπο του Μούδρου, από όπου και κανονιοβολούσαν την πόλη του Μούδρου και τις δυνάμεις του Ιερού Λόχου. Την κατάσταση ήρθε να σώσει ο Βρετανός ταξίαρχος Τέρνμπουλ και οι υπόλοιποι επιτελάρχες του Ιερού Λόχου, οι οποίοι παγίδευσαν τους Γερμανούς μέσα στον κόλπο του Μούδρου και μετά από ορισμένες αεροπορικές επιθέσεις εναντίων τους, πέτυχαν την συνθηκολόγηση των Γερμανών και την οριστική απελευθέρωση της Λήμνου από τη Γερμανική κατοχή.
