Πρώτη αναφορά στο διοικητικό καθεστώς της Σάμου εντοπίζεται σε οθωμανικό έγγραφο (1610). Σύγχρονη έρευνα υποστηρίζει ότι κατά τον 16ο αιώνα περιήλθε στην κατοχή του Κιλίτζ Αλή Πασά (Kılıç Ali Paşa), μετά τον θάνατο του οποίου παραχωρήθηκε στην Οθωμανική Αυτοκρατορία ως βακούφι, με το σύστημα εκμίσθωσης των προσόδων. Επικεφαλής της οθωμανικής διοίκησης ήταν ο βοεβόδας, και οι χριστιανικές κοινότητες πλήρωναν φόρους στην Υψηλή Πύλη. Από τις τοπικές χριστιανικές ελίτ, με πιο περιορισμένους ρόλους, την διοίκηση πλαισίωναν τέσσερεις «μεγάλοι προεστοί» (Βαθέως, Χώρας, Καρλοβασίου, Μαραθόκαμπου) και κατά τόπους εκλεγμένοι δημογέροντες, τους οποίους οι Οθωμανοί αποκαλούσαν κοτσαμπάσηδες. Οι τελευταίοι εξέλεγαν έναν προεστό για το ετήσιο Μεγάλο Συμβούλιο των Μεγάλων Προεστών, βασικό καθήκον του οποίου ήταν και η συλλογή φόρων.
Η ανάπτυξη της ναυτιλίας και του εμπορίου (κυρίως κρασιού και ελαιολάδου) μετέβαλαν σταδιακά τη μονοδιάστατη οικονομία και την κοινωνική σύνθεση του νησιού. Οικονομικά εύρωστες τοπικές ελίτ με ιδέες εμφορούμενες από τον Διαφωτισμό, την Αμερικανική και Γαλλική Επανάσταση (Καρμανιόλοι), άρχισαν να διεκδικούν την εξουσία από την φατρία των κατά κανόνα γαιοκτημόνων Μεγάλων Προεστών που είχαν καταστήσει την διοίκηση σχεδόν κληρονομική (Καλικάντζαροι).
Οι Καρμανιόλοι πιθανολογείται ότι ονομάστηκαν έτσι λόγω της συμπάθειάς τους στους ριζοσπάστες Γάλλους υπερασπιστές των γραμμάτων και τον χορό τους, τον χορό της καρμανιόλας. Οι αντίπαλοί τους αποκαλούνταν σκωπτικά Καλλικάντζαροι, επειδή συνωμοτούσαν κρυφά μεταξύ τους και συνεργάζονταν με την Υψηλή Πύλη. Αφορμή για την έναρξη οκταετών μεταξύ τους συγκρούσεων, στάθηκε η αποκάλυψη της οικονομικής κακοδιαχείρισης που μετέθεσε στο νησί μεγάλο χρέος το 1805. Με την υποστήριξη καταπιεσμένων αγροτών και κτηνοτρόφων του νησιού, ο αγάς Ανδρεαδάκης ανετράπη και επικράτησαν οι Καρμανιόλοι προεστοί, οι οποίοι κάλεσαν για να λάβει ρόλο ηγετικό τον Λυκούργο Λογοθέτη.
Ο Λογοθέτης δέχτηκε αρκετές δολοφονικές απόπειρες εναντίον του, έφυγε το 1808, στη συνέχεια φυλακίστηκε, εξορίστηκε και επέστρεψε στην Σάμο το 1810. Εκλέχτηκε Προεστός της Δυτικής Σάμου το 1812, αλλά τότε έχασαν οι Καρμανιόλοι την εξουσία. Οι σφοδρές αντιδράσεις των Καλικάντζαρων είχαν επιφέρει νέα ανάμειξη της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας στα εσωτερικά του αυτόνομου και αυτοδιοίκητου νησιού. Η Υψηλή Πύλη αντέδρασε και, μετά από σειρά και άλλων γεγονότων, αναγνώρισε την αυτονομία της Σάμου, υπενθύμισε την υποχρέωση φόρου υποτελείας και επέβαλε με την βία ως επικεφαλής της διοίκησης τον πρώτο Ηγεμόνα το 1834. Στα ενδιάμεσα χρόνια, η δράση των Καρμανιόλων και του Λογοθέτη έντονα ίχνη άφησαν κατά την Ελληνική Επανάσταση του 1821.
