Η Σάμος συμμετείχε στην Ελληνική Επανάσταση αλλά δεν συμπεριλήφθηκε στο Ελληνικό Κράτος. Οι Σάμιοι προχώρησαν στην ίδρυση της αυτόνομης Σαμιακής Πολιτείας που όμως δεν αναγνωρίστηκε από τα άλλα κράτη. Με εγγυήτριες τις Μεγάλες Δυνάμεις (Αγγλία, Γαλλία, Ρωσία), ο Σουλτάνος Μαχμούτ Β’ αναγνώρισε επίσημα την Σάμο ως Ηγεμονία αυτόνομη με πλήρη αυτοδιοίκηση (Οργανικός Χάρτης 1832). Η παρουσία οθωμανικών στρατευμάτων απαγορεύτηκε, η καταβολή ετήσιου φόρου υποτελείας στην Υψηλή Πύλη παρέμεινε, και η σύναψη εξωτερικών σχέσεων δεν επιτρεπόταν. Το 1834 της επιβλήθηκε Ηγεμόνας (πρίγκιπας). Έπρεπε να είναι «ομογενής και ομόδοξος τοις Σαμίοις» και πλαισιωνόταν από τέσσερεις συμβούλους εκλεγμένους από τους ίδιους, αλλά διοριζόταν από τον Σουλτάνο.
Η Ηγεμονία ή Πριγκιπάτο της Σάμου είχε δικό της έμβλημα και της παραχωρήθηκαν δύο σημαίες. Η σημαία ξηράς υψωνόταν στο νησί και η ναυτική σημαία στα εμπορικά της πλοία. Συνδύαζαν τα χρώματα της Ελληνικής Σημαίας (λευκό και γαλανό) και το κόκκινο της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Στο σχέδιό τους διακρινόταν ο σταυρός ως σύμβολο χριστιανικό, όπως και στο στέμμα που εικονιζόταν στο έμβλημα της Ηγεμονίας, πάνω από την πριγκιπική χλαμύδα και τον θυρεό. Ο θυρεός έφερε λέοντα χρυσό που συμβόλιζε το θάρρος τού ηγεμόνα, και ο σταυρός το θρήσκευμά του. Ο λέων παράλληλα θύμιζε την αρχαία ιστορία του νησιού (σαμιακά νομίσματα). Επιπροσθέτως ο λέων, όπως και το βόδι που εικονιζόταν κατά περίπτωση δίπλα του, ήταν σύμβολα της θεάς Ήρας και παρέπεμπαν στο Ηρώο της Σάμου. Το παγώνι στην δεξιά γωνία του εμβλήματος, ως σύμβολο βασιλικό, αναφερόταν και πάλι στην Ήρα, ως σύζυγο του ηγέτη του δωδεκάθεου Δία.
Η πρώτη Ηγεμονία, του Στέφανου Βογορίδη (1834-49), επιβλήθηκε βιαίως. Αποδείχθηκε αναποτελεσματική στην οργάνωση των θεσμών και δυσβάσταχτη στην είσπραξη των φόρων. Ένοπλη εξέγερση των Σαμίων το 1850, οδήγησε σε αλλαγή του. Η θεσμική οργάνωση του αυτόνομου κρατιδίου ξεκίνησε στην πράξη με τον Αναλυτικό Χάρτη του 1851 κατά την διάρκεια της Ηγεμονία του Γεώργιου Κονεμένου. Με εναλλαγές ηγεμόνων και ως τα τέλη της ηγεμονικής περιόδου, η Σάμος γνώριζε ιδιαίτερη οικονομική ανάπτυξη και πνευματική κίνηση. Ωστόσο, με κύριο αίτιο την αυταρχική άσκηση της διοίκησης και απώτερο σκοπό την ένωση με το Ελληνικό Κράτος, οι αντιδράσεις κατά του καθεστώτος δεν έλειψαν. Κατά του προτελευταίου ηγεμόνα, του Ανδρέα Κοπάση, σημειώθηκε δολοφονική επίθεση, και μετά το επαναστατικό κίνημα στο οποίο φυσιογνωμία ηγετική αναδείχθηκε ο Θεμιστοκλής Σοφούλης, αποφασίστηκε η ένωση της Σάμου με το Ελληνικό Κράτος το 1912.
