Ως «Επισκοπή Χίου» η λατινική Εκκλησία ιδρύθηκε εκεί κατά τον 13ο αιώνα. Από τη δική της καθολική κοινότητα προήλθαν, μεταξύ άλλων, Καρδινάλιοι Επίσκοποι, Αρχιεπίσκοποι και Τοπικοί Ηγούμενοι Ταγμάτων. Στην Επισκοπή Χίου, η Σάμος προσαρτήθηκε το 1972, και η Λέσβος το 1931. Προστάτης της Εκκλησιαστικής Επαρχίας είναι ο Άγιος Νικόλαος, και εορτάζεται στις 6 Δεκεμβρίου.
Ο Ιερός Ναός Μεταστάσεως της Θεοτόκου στο Βαθύ, στην καθομιλουμένη είναι γνωστός ως «Φραγκόκλησα». Οικοδομήθηκε την πρώτη δεκαετία του 20ού αιώνα από Χιώτες μάστορες, για την Αποστολή της Καθολικής Εκκλησίας. Δίπλα του χτίστηκε και ένα κτήριο που στέγαζε διοικητικές ανάγκες της Αποστολής και φιλανθρωπικές ιεραποστολικές δραστηριότητές της. Κάποιες από αυτές ήταν η λειτουργία οικοτροφείου και σχολής εκμάθησης ξένων γλωσσών.
Την προσοχή της Καθολικής Εκκλησίας είχε ήδη παλαιότερα προσελκύσει και ο οίνος της Σάμου, τον οποίο έκρινε ποιότητας άξιας να χρησιμοποιηθεί στη Θεία Λειτουργία. Λόγος γίνεται ακόμη για το γεγονός, ότι η Καθολική Κοινότητα τροφοδοτούσε την Καθολική Εκκλησία με κρασί σαμιώτικο για τις λατρευτικές ανάγκες, το οποίο φυλασσόταν στο υπόγειο του ναού. Σε δεξαμενές χτιστές αλλά και βαρέλια ξύλινα, που έφεραν τα διακριτικά καρδιναλίων. Βέβαιο είναι ότι η Καθολική Εκκλησία έχει παραχωρήσει στην Ένωση Οινοποιητικών Συνεταιρισμών (ΕΟΣ) το προνόμιο παρασκευής οίνου με πιστοποιητικό της Καθολικής Αποστολής.
Ο ναός της Μεταστάσεως της Θεοτόκου, η «Φραγκόκλησα της Σάμου» δέχτηκε πλήγματα από τον σεισμό του 2000 και λίγο αργότερα χαρακτηρίστηκε διατηρητέο μνημείο. Σήμερα είναι ναός ενοριακός, λειτουργείται, και με κέντρο τον ίδιο υλοποιούνται δράσεις ποιμαντικές προσφύγων και μεταναστών, με επισκέψεις Αδελφών του Ελέους από τη Σύρο.








