Από τον ελληνοτουρκικό πόλεμο (1919-1922) γνωστότερη παραμένει η μικρασιατική εκστρατεία που απόληξε στη καταστροφή της Σμύρνης, και το δράμα των προσφύγων που ακολούθησε. Ωστόσο, πολλές χιλιάδες προσφύγων είχαν ήδη προηγηθεί. Διασχίζοντας τη θαλάσσια απόσταση από την Μικρά Ασία πριν ακόμη η Σμύρνη καταστραφεί το 1922, πολλές χιλιάδες πρόσφυγες είχαν καταφύγει και στα ελληνικά νησιά του Αιγαίου. Ανάμεσά τους η Λέσβος, η Χίος και η Σάμος.
Η Σάμος υποδέχτηκε στο Λιμένα Βαθέως τους πρώτους 6.000 πρόσφυγες από τη Νικομήδεια το 1921. Είχε την ευθύνη να τους προσφέρει περίθαλψη και να τους δώσει το δικαίωμα να επιλέξουν αν θα παραμείνουν στο νησί. Και όσους αποφάσιζαν διαφορετικά, να φροντίσει να προχωρήσουν το ταξίδι τους προς την Ηπειρωτική Ελλάδα. Οι κάτοικοι αρχικά υποδέχτηκαν τους πρόσφυγες με πνεύμα συμπόνιας και διάθεση βοήθειας, ώσπου οι στρατιωτικές εξελίξεις στο μέτωπο της Μικράς Ασίας άρχισαν να ωθούν πολλές ακόμη χιλιάδες ανθρώπων μακριά από τις εστίες τους. Μέσα στους επόμενους πέντε μήνες, δύο ακόμη αφίξεις προσφύγων έδειξαν τα όρια των υποδομών υποδοχής, και ανέδειξαν προβληματισμούς των κατοίκων για την ικανότητα του νησιού να διαχειριστεί τα προβλήματα που ενέκυπταν. Ως το 1922, οι πρόσφυγες ανέρχονταν σε 15.000. Υπόμνημα των ίδιων των προσφύγων, κάνει λόγο για περισσότερα από 40.000 άτομα που παρέμειναν έστω και προσωρινά στο νησί το 1924.
Την υγειονομική κάλυψη πρόσφερε το Νοσοκομείο της Σάμου, το οποίο δεν άργησε να φτάσει τα όρια των δυνατοτήτων του. Όπως και οι δυνατότητες του νησιού να στεγάσει και να καλύψει τις καθημερινές βιοποριστικές ανάγκες τους. Κάτοικοι έκαναν λόγο για έλλειψη συντονισμού από τις αρχές, και από τους πρώτους πρόσφυγες ο χειμώνας έπληξε κυρίως παιδιά, γυναίκες και ηλικιωμένους που παρέμεναν δίχως δική τους στέγη. Το 1923 ιδρύθηκε το Προσφυγικό Νοσοκομείο και επιπλέον ιατρείο «φυματικό» για την αντιμετώπιση της νόσου που πρόσθετα βασάνιζε τους πρόσφυγες, όπως και η ελονοσία και η δυσεντερία, εξαιτίας και των συνθηκών διαβίωσης. Βοήθεια επισιτιστική προσφέρθηκε από την Ελληνική Πολιτεία και τον Αμερικανικό Ερυθρό Σταυρό. Συγκροτήθηκαν επιτροπές διαχείρισης, και στη διαχείριση των χρηματικών δωρεών βοήθησαν ο Νομάρχης και ο Μητροπολίτης του νησιού, ως Πρόεδρος επιτροπής για τους εράνους.
Το 1923 είχαν επιλέξει να παραμείνουν στη Σάμο πάνω από 20.000 πρόσφυγες. Οι περισσότεροι παρέμειναν στο Λιμένα Βαθέως ή εγκαταστάθηκαν στο Καρλόβασι, στο Τηγάνι, στους Μυτιληνιούς και στη Χώρα. Μόνο κάποιες εκατοντάδες εγκαταστάθηκαν σε 27 διαφορετικά νησιά χωριά. Το ίδιος έτος προβλέφθηκε η δυνατότητα να συνεχίσουν την εκπαίδευσή τους τα προσφυγόπουλα. Σύμφωνα με την απογραφή του 1928, στη Σάμο είχαν παραμείνει σχεδόν 6.000 πρόσφυγες. Στη πλειονότητά τους προέρχονταν από τα μικρασιατικά παράλια, ήταν ελληνόφωνοι, χριστιανοί ορθόδοξοι και δεν άλλαξαν επάγγελμα. Τα επαγγέλματα που ασκούσαν ήταν συναφή με των γηγενών, αλλά εμπλούτισαν τη πολιτιστική ταυτότητα της Σάμου.
