Η μοναστική παράδοση της Σάμου προσμετρά αιώνες. Σχετίζεται και με την Ιστορία της Ιεράς Μονής Πάτμου, της οποίας μετόχια λειτουργούσαν στη Σάμο και όταν είχε ερημωθεί (15ος αιώνας).
Στη Σάμο σήμερα (2024) λειτουργούν 8 ανδρώες και 4 γυναικείες μονές. Παλαιότερη είναι η Μονή Παναγίας Βροντιανής στους Βουρλιώτες (1566) και νεότερη η Μονή Κοιμήσεως της Θεοτόκου στον Μαραθόκαμπο (1887). Η Ιερά Μονή Αγίας Τριάδας που ιδρύθηκε το 1824, έχει αναγνωριστεί ως οικισμός από το 1940 και το ιστορικό της φωτίζει ευρύτερες πτυχές της Ιστορίας της Σάμου.
Η Μονή Αγίας Τριάδας αποκαλείται και Νέα Ζωοδόχος πηγή, επειδή ο ιδρυτής της Ιερομόναχος Νεόφυτος, προερχόταν από τη Μονή Ζωοδόχου Πηγής. Ιδρύθηκε στη θέση του παλαιότερου Ναού της Αγίας Τριάδας το 1824, αλλά τα κελιά και το σημερινό Καθολικό της ανοικοδομήθηκαν το 1905. Αρχιτεκτονικά κατατάσσεται στον τύπο του οθωνιτικού τετρακιόνιου τρικόγχου. Οι τέσσερεις κίονες που στηρίζουν τον τρούλο προέρχονται, σύμφωνα με την παράδοση, από κτίσμα της αρχαίας πόλης Γλυφάδας (σημερινό Πυθαγόρειο).
Η Ιερά Μονή Αγίας Τριάδας βρίσκεται στη θέση Κατραφίλι, κοντά στους Μυτιληνιούς. Αναγνωρίστηκε ως οικισμός και προσαρτήθηκε στην Κοινότητα Μυτιληνιών το 1940. Πριν από τότε, η Σάμος διατηρούσε ισχυρούς εμπορικούς δεσμούς με το Άγιον Όρος, και διακινούμενα αγαθά, είδη εκκλησιαστικά ή/και ευρύτερα σχετιζόμενα με την ορθόδοξη χριστιανική παράδοση, όπως ξύλινες σφραγίδες για τα πρόσφορα. Την ίδια δεκαετία, 1940, και κατά τη διάρκεια της Κατοχής, πολλοί κάτοικοι της Σάμου κατέφυγαν στην Αίγυπτο και κάποιοι γίνονταν Χατζήδες. Μετά τον πόλεμο, δεν παρατηρείται ροή προσκυνητών για τον ίδιο λόγο, έως την δεκαετία 1970 που διοργάνωσε προσκυνηματικές εκδρομές η Ιερά Μητρόπολη Σάμου (1978, 1981, 1985). Οι μόνοι τόποι που προσκυνηματικές εκδρομές επαναλήφθηκαν ήταν οι Άγιοι Τόποι και το Άγιον Όρος, που αναμόρφωσαν την προσκυνηματική παράδοση της Σάμου. Μία δεκαετία αργότερα από πότε, η Ιερά Μονή Αγίας Τριάδας ως οικισμός, παρακολουθώντας και τις διοικητικές μεταρρυθμίσεις, προσαρτήθηκε διαδοχικά στον Δήμο Πυθαγορείου (1997), στον Δήμο Σάμου (2010), στον Δήμο Ανατολικής Σάμου. Πανηγυρίζει την ημέρα του Αγίου Πνεύματος, και διαθέτει πλούσια βιβλιοθήκη.
