Η προηγούμενη καταστροφή των Ψαρών από τον οθωμανικό στόλο και στρατό ξηράς, είχε δείξει ότι πλησίαζε η στιγμή να δεχτεί εξίσου σφοδρή επίθεση και η Σάμος. Έτσι κι έγινε, τον Αύγουστο του 1824. Με τη διαφορά ότι το επώδυνο παράδειγμα των Ψαρών είχε συγκεντρώσει πλοία από διάφορες περιοχές του Αιγαίου προς υπεράσπισή της. Ο οθωμανικός στόλος ηττήθηκε στις 5 Αυγούστου, και ρόλο πρωταγωνιστικό στην έκβαση έπαιξε ο Κωνσταντίνος Κανάρης. Ο Λυκούργος Λογοθέτης, ηγετική μορφή της περιόδου και πρωτεργάτης των Καρμανιόλων, σύνδεσε τη σωτήρια έκβαση με το γεγονός ότι την επομένη ξημέρωσε η εορτή της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος.
Ο Ιερός Ναός της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος οικοδομήθηκε με πρωτοβουλίες του ίδιους και από τάμα πανσαμιακό, στο διάστημα 1831-1833, στο λόφο του Πυθαγορείου, δίπλα στο ανακαινισμένο κάστρο. Λειτουργούσε ως ενιαίο σύνολο με τον παρακείμενο πύργο και αρχηγείο του (Πύργος του Λογοθέτη) και πανηγυρικά η 6η Αυγούστου τιμάται έως τις ημέρες μας, ως εορτή θρησκευτική και εθνική. Επειδή, όπως μνημόνευε επιγραφή στο ναό «Θεός Σάμον έσωσεν 6η Αυγούστου 1824».
Μετά την ίδρυση του Ελληνικού Κράτους και αφού η Σάμος εξαιρέθηκε από την επικράτειά του, ο Λογοθέτης ίδρυσε την Πολιτεία της Σάμου. Όταν καταλύθηκε με την επιβολή Ηγεμόνα διορισμένου από τον Σουλτάνο, η ανοικοδόμηση του ναού δεν είχε ολοκληρωθεί. Λεηλατήθηκε και την επισκευή του ανέλαβε η Δημαρχία της Χώρας. Τα (2α) πανηγυρικά εγκαίνιά του έγιναν στις 6 Αυγούστου 1834. Τα οστά του Λογοθέτη μεταφέρθηκαν από την Αθήνα και έχουν εναποτεθεί σε ειδικά διαμορφωμένο χώρο του. Και η εικόνα του ναού ήταν σε πρώτο φόντο στα πρώτα γραμματόσημα που χρησιμοποιούσε η Προσωρινή Κυβέρνηση, μετά την κήρυξη της Σάμου με την Ελλάδα.
Ο Ιερός Ναός της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος έχει κηρυχθεί ιστορικό διατηρητέο μνημείο από το Υπουργείο Πολιτισμού. Αρχιτεκτονικά ακολουθεί τον ρυθμό της βασιλικής με τρούλο. Ξεκίνησε μονόχωρος με αψίδα και αργότερα προστέθηκαν προκτίσματα. Εξαιρετικά είναι επίσης το μαρμάρινο τέμπλο και ο άμβωνάς του, κατασκευασμένα στις αρχές του 20ού αιώνα.
